จากระดับน้ำโขงที่ลดลงอย่างต่อเนื่อง ทำให้ขณะนี้ฐานขององค์พระธาตุกลางน้ำ ที่จมอยู่ในแม่น้ำโขง บริเวณชุมชนวัดธาตุ ในเขตเทศบาลเมืองหนองคาย จุดลอยเถ้าอัฐิของหลวงพ่อคูณ และจุดที่มีคลิปดังคนเห็นพญานาค ได้โผล่พ้นน้ำแล้วประมาณ 2 เมตร ให้พุทธศาสนิกชนและนักท่องเที่ยวได้สักการะอย่างใกล้ชิดหลังเข้าสู่ฤดูหนาวที่เป็นฤดูท่องเที่ยว พุทธศาสนิกชนและนักท่องเที่ยวที่ต้องการเข้าไปนมัสการองค์พระธาตุกลางน้ำใกล้ ๆ ก็จะมีเรือไว้ให้เช่าบริการตลอดทั้งวันโดยไม่มีวันหยุด ซึ่งในแต่ละวันจะมีพุทธศาสนิกชนและนักท่องเที่ยวเดินทางมาสักการะขอพรองค์พระธาตุกลางน้ำตลอดทั้งวัน โดยเฉพาะในช่วงวันหยุดจะคึกคักเป็นพิเศษ

พระธาตุกลางน้ำหรือพระหล้าหนอง เป็นพระธาตุที่หักพังอยู่กลางลำน้ำโขง ภายในองค์ธาตุประดิษฐานพระบรมธาตุฝ่าพระบาทเก้าพระองค์ ตามตำนานอุรังคธาตุ ตามหนังสือประชุมพงศาวดาร ภาค 70 บันทึกไว้ว่า พระธาตุเมืองหนองคายได้พัง เมื่อวันขึ้น 9 ค่ำ เดือน 9 ปีพุทธศักราช 2390 และปัจจุบันตลิ่งได้ถูกน้ำโขงกัดเซาะจนไปอยู่กึ่งกลางแม่น้ำโขง

การที่องค์พระธาตุจมลงในแม่น้ำโขง เทศบาลเมืองหนองคาย จึงได้ร่วมกับชาวหนองคาย จัดทำโครงการก่อสร้างองค์พระธาตุกลางน้ำจำลอง และบรรจุชิ้นส่วนพระธาตุองค์จริงเข้าไปไว้ข้างในและปรับปรุงสภาพแวดล้อมริมฝั่งแม่น้ำโขงขึ้น โดยได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากกรมส่งเสริมการปกครองท้องถิ่น กระทรวงมหาดไทย พร้อมทั้งได้มีการก่อสร้างเขื่อนป้องกันตลิ่งเพื่อป้องกันน้ำโขงกัดเซาะจนพังทลายอีก

พระธาตุกลางน้ำ เป็นที่เคารพสักการะของชาวหนองคายและชาวลาว ในแต่ละปีชุมชนวัดธาตุและชุมชนต่าง ๆ ในเขตเทศบาลเมืองหนองคาย ร่วมกับเทศบาลเมืองหนองคาย พร้อมใจจัดงานเกี่ยวกับพระธาตุกลางน้ำขึ้นทุกปี คือประเพณีบุญเดือน 3 วันมาฆบูชา , งานประเพณีบุญบั้งไฟเดือน 6 , พิธีบวงสรวงองค์พระธาตุฯ และการแข่งขันเรือยาววันออกพรรษา เป็นต้น.